Biologia del genoma umano in condizioni fisiologiche e patologiche

Nel nostro laboratorio siamo interessati a capire la funzione degli elementi ripetuti del DNA nella regolazione epigenetica della risposta trascrizionale della cellula. In particolare ci chiediamo se i repeats possano influenzare la variabilità inter-individuale tra gli esseri umani come risposta all’ambiente, adattamento, e predisposizione allo sviluppo delle malattie. I repeats compongono circa il 70% del genoma umano, e la loro funzione è stata largamente ignorata per decenni. Ciononostante, è sempre più evidente il loro ruolo nel regolare l’epigenoma. Ad esempio, le sequenze ripetute sono coinvolte nella struttura del cromosoma, nella regolazione trascrizionale, nell’integrità genomica e nell’evoluzione del genoma. Inoltre, i consorzi FANTOM ed ENCODE hanno assegnato una pletora di funzioni regolatrici alle sequenze ripetute. Questi studi indicano un loro ruolo funzionale sia in cis sia in trans. Il lavoro del nostro gruppo potrebbe aggiungere importanti informazioni e nuove interpretazioni su come specifiche classi di DNA ripetuto possano influenzare i processi cellulari, il differenziamento e l’insorgenza di malattie. Il fine ultimo è quello di dimostrare che l’acquisizione in evoluzione di elaborate e fini regolazioni del programma trascrizionale della cellula rappresentino un valore aggiunto per i mammiferi, in particolare per l’uomo, per reagire all’ambiente, adattarsi allo stress, ed eventualmente essere predisposti meglio o peggio alla progressione di patologie. Il chiarire la funzione delle sequenze ripetute del DNA potrebbe alla fine rendere la biologia del genoma e l’epigenetica più vicini a forme veramente efficaci di medicina personalizzata.

Progetti

  • Studio delle dinamiche trascrizionali dei trasposoni LINE1 nell’identità e plasticità cellulare dei linfociti T CD4+ primari umani circolanti ed infiltranti il tumore
  • Studio del ruolo epiqgenetico delle sequenze LINE1 e dei suoi trascritti nel mantenimento della quiescenza dei linfociti T umani
  • Ruolo degli elementi trasponibili del DNA nel cancro al colon retto

Team

Nome / Name Ruolo / Role Email
Federica Marasca Research Scientist marasca@ingm.org
Valeria Ranzani Research Scientist, Bioinformatician ranzani@ingm.org
Rebecca Vadalà Post Doc vadala@ingm.org
Valeria Di Gioia Post Doc digioia@ingm.org
Francesco Panariello Post Doc, Bioinformatician panariello@ingm.org
Jan Zamporlini Fellow zamporlini@ingm.org
Michele Panepuccia PhD Student, Bioinformatician
panepuccia@ingm.org
Alen Stambolliu PhD Student, Bioinformatician stambolliu@ingm.org
Flaminia Mazza Predoctoral Fellow mazza@ingm.org
Giulia Solbiati Predoctoral Fellow solbiati@ingm.org
Amanda Bianchi Predoctoral Fellow, Bioinformatician bianchi@ingm.org
Francesca Conti Predoctoral Fellow, Bioinformatician conti@ingm.org
Marco Cominelli Predoctoral Fellow, Bioinformatician cominelli@ingm.org
Marco Gritti Master Student gritti@ingm.org
Simone Locatelli Master Student locatelli@ingm.org
Federico Colombo Master Student colombo@ingm.org
Davide Sandrelli Master Student, Bioinformatician sandrelli@ingm.org
John Villis Master Student, Bioinformatician villis@ingm.org
Thashini Thennakoon Master Student thennakoon@ingm.org
Livia Provitera Visiting Researcher provitera@ingm.org
Laura Carpen Visiting PhD student

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