Biologia del genoma umano in condizioni fisiologiche e patologiche

Nel nostro laboratorio siamo interessati a capire la funzione degli elementi ripetuti del DNA nella regolazione epigenetica della risposta trascrizionale della cellula. In particolare ci chiediamo se i repeats possano influenzare la variabilità inter-individuale tra gli esseri umani come risposta all’ambiente, adattamento, e predisposizione allo sviluppo delle malattie. I repeats compongono circa il 70% del genoma umano, e la loro funzione è stata largamente ignorata per decenni. Ciononostante, è sempre più evidente il loro ruolo nel regolare l’epigenoma. Ad esempio, le sequenze ripetute sono coinvolte nella struttura del cromosoma, nella regolazione trascrizionale, nell’integrità genomica e nell’evoluzione del genoma. Inoltre, i consorzi FANTOM ed ENCODE hanno assegnato una pletora di funzioni regolatrici alle sequenze ripetute. Questi studi indicano un loro ruolo funzionale sia in cis sia in trans. Il lavoro del nostro gruppo potrebbe aggiungere importanti informazioni e nuove interpretazioni su come specifiche classi di DNA ripetuto possano influenzare i processi cellulari, il differenziamento e l’insorgenza di malattie. Il fine ultimo è quello di dimostrare che l’acquisizione in evoluzione di elaborate e fini regolazioni del programma trascrizionale della cellula rappresentino un valore aggiunto per i mammiferi, in particolare per l’uomo, per reagire all’ambiente, adattarsi allo stress, ed eventualmente essere predisposti meglio o peggio alla progressione di patologie. Il chiarire la funzione delle sequenze ripetute del DNA potrebbe alla fine rendere la biologia del genoma e l’epigenetica più vicini a forme veramente efficaci di medicina personalizzata.

Progetti

  • Studio delle dinamiche trascrizionali dei trasposoni LINE1 nell’identità e plasticità cellulare dei linfociti T CD4+ primari umani circolanti ed infiltranti il tumore
  • Studio del ruolo epiqgenetico delle sequenze LINE1 e dei suoi trascritti nel mantenimento della quiescenza dei linfociti T umani
  • Ruolo degli elementi trasponibili del DNA nel cancro al colon retto

Team

Nome / NameRuolo / RoleEmail
Filippo BurattinPhD studentburattin@ingm.org
Valeria Di GioiaPhD studentdigioia@ingm.org
Hadi Eidgah TorghabeheiMaster Studenteidgah@ingm.org
Erica Gasparotto
PhD studentgasparotto@ingm.org
Marco Ghilotti
Senior Post Docghilotti@ingm.org
Ilaria Maria Teresa LooserMaster studentlooser@ingm.org
Federica MarascaSenior Post Doc marasca@ingm.org
Benedetto PolimeniPhd student bioinformaticspolimeni@ingm.org
Michele PanepucciaPre Doctoral Fellowpanepuccia@ingm.org
Valeria RanzaniResearch Scientist, Bioinformatician ranzani@ingm.org
Lorenzo SalviatiPhd student bioinformaticssalviati@ingm.org
Rebecca VadalàPostDocvadala@ingm.org
Jan ZamporliniMaster studentzamporlini@ingm.org

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